EndoFree Plasmid Kit将高效的内毒素去除步骤整合到质粒纯化流程中，不需要额外步骤，也不需用亲和柱去除脂多糖。通过QIAfilter Mega-Giga Cartridge过滤细菌裂解液，并使用重力流QIAGEN-tip阴离子交换柱纯化质粒DNA。产量可达10 mg（Giga）、2.5 mg（Mega）、500 μg（Maxi）DNA。纯化的DNA无内毒素（<0.1 EU/µg DNA）。

选用EndoFree Plasmid Mega Kit而非EndoFree Plasmid Giga Kit纯化低拷贝质粒和科斯质粒，将会得到更好的效果，因为后者需要较大的培养体积，而QIAfilter Mega-Giga Cartridge的容量有限。

EndoFree Plasmid Kits去除细菌在裂解过程中释放的内毒素，内毒素会影响原代细胞和敏感培养细胞的DNA转染。从EndoFree Plasmid Kits得到的无内毒素DNA高度适用于可重复且结果可靠的转染（参见Plasmid purification method versus transfection efficiency和Plasmid purity versus transfection efficiency及表"Endotoxin levels in plasmid preparations"和"EndoFree DNA yields high transfection efficiencies with primary cells"）。QIAGEN超纯无内毒素DNA也适用于基因治疗研究和其他敏感应用。